Hiếu Ý Nhân Hoàng hậu không rõ sinh ngày bao nhiêu, cũng không truyền lại năm sinh. Bà là người của dòng họ Đông Giai thị thuộc Hán Quân Tương Hoàng kỳ, sau cải Mãn Châu.

Từ thời Dân Quốc đến hiện đại, vẫn còn có nhiều hiểu lầm, cho rằng Hiếu Ý Nhân Hoàng hậu cùng tộc nhân [Đông Giai thị] là người Hán, sau được ban đài kỳ mới trở thành quý tộc Mãn Châu như sách sử ghi chép. Thực tế thì dòng họ [Đông Giai thị] vốn là người Mãn, nhưng khi sơ kì nhập quan lại bị phân thành thuộc [Hán Quân Tương Hoàng kỳ]. Về sau do dòng họ của bà được nhập Mãn Châu bổn kỳ, tức [Mãn Châu Tương Hoàng kỳ].

Tằng tổ phụ của bà là Đông Dưỡng Chân, xuất thân Hán Quân Tương Hoàng kỳ, có tổ tiên là người Nữ Chân tên Đạt Nhĩ Hán thế cư ở đất [Đông Giai], nên lấy đó làm họ. Về sau, Đạt Nhĩ Hán đến cậy nhờ nhà Minh nên đổi qua họ [Đông thị] của người Hán, cùng em trai ở Lữ Thuận phát triển nghề buôn. Khi Thanh Thái Tổ Nỗ Nhĩ Cáp Xích tấn công Lữ Thuận, Đông Dưỡng Chân cùng em trai là Đông Dưỡng Tính quy phụ, được xếp vào Hán Quân Tương Hoàng kỳ. Do hi sinh trong cuộc chiến với nhà Minh, nên Đồng Dưỡng Chân được liệt công lớn, con cháu cũng được thiện đãi.

Tổ phụ của Hiếu Ý Nhân hoàng hậu là Quốc cữu Thái tử Thái bảo, tặng Thiếu bảo Đông Đồ Lại (佟图赖), qua đời vào năm Thuận Trị thứ 15, được tặng thụy hiệu [Cần Tương; 勤襄]. Ông có hậu duệ, là Hiếu Khang Chương Hoàng hậu, Đông Quốc Cương (佟國纲) và Đông Quốc Duy (佟國維). Phụ thân Hiếu Ý Nhân Hoàng hậu là Đông Quốc Duy, với thân phận là em trai của Hiếu Khang Chương Hoàng hậu, đảm đương chức vụ Nội đại thần, cưới chính thê là người bộ tộc Hách Xá Lý, sinh ra Hiếu Ý Nhân Hoàng hậu. Bà có một em trai là Long Khoa Đa, một em gái tức Khác Huệ Hoàng quý phi của Khang Hi Đế.

Trong gia tộc, người chú Đông Quốc Cương của bà là người thừa kế lớn nhất, ngay thời đầu Khang Hi đã đảm nhiệm Nội đại thần, tham dự triều chính. Xuất thân gia tộc cao quý, lại là cháu gái của Hiếu Khang Chương Hoàng hậu - sinh mẫu của Khang Hi Đế, nên có thể suy đoán quan hệ thân thiết giữa Hiếu Ý Nhân Hoàng hậu và Khang Hi Đế tương đối phát triển từ sớm.